天启六年时，袁任辽东巡抚，对镇守皮岛「东江」之毛文龙深表不满，曾有撤销东江镇之请求。八月袁抵辽东后，了解到毛与清军作战从未获胜，既不练兵备战反而招商贩卖禁品，从中获取暴利，遇战争时很少服从调遣，对其不满日甚。袁因请求改变运往东江粮饷饷道，且派员掌理以控制毛，毛不甘受文臣监制而上疏抗辩连及于袁，且以皮岛会因此发生兵变而要胁朝廷，表明不受袁之节制，是以袁益恶之。

崇祯二年六月，袁借口检阅兵马，乘船抵皮岛；毛置酒款待，席间袁提出改革，毛当即反对，袁乃劝其回归故里，毛恣意答谓早有此意，惟鉴于熟识辽东情势及后金内幕者只有其一人，要待收复辽东攻占朝鲜后方能成行。袁见其冥顽不化，益坚其诛毛之心。

六月五日袁邀毛观看将士骑射，事前在山上设帐筵，四下伏甲士，不让毛部卒进入，责问毛违犯朝命；毛不服极力辩解，袁斥责后乃下命随从除去毛之冠戴，将其捆绑，从容宣布其十二条当斩罪状。毛闻之始魂丧胆落，拚命叩头乞免一死。袁乃请出尚方宝剑，顿首请旨：「诛毛文龙乃整肃军纪，诸将士有效尤如毛者当诛，臣如不成功如诛毛文龙一样诛臣。」同时谕告毛部下，只杀毛而罪不及无辜。当时毛部下将士数万人，但无一敢反叛者。袁斩毛于帐前，着人棺殓毛尸，翌日祭奠曰：「昨日斩首是按朝廷大法，今日祭奠乃同僚私情。」一时声泪俱下，仍让毛子毛承祚在帐下效力，事后奏呈崇祯帝。崇祯虽震惊，但需仰赖袁收复辽东，只得降旨表扬，并勉强顺从袁一切请求。但帝心深处，对袁已生疑忌，埋下日后杀袁祸根。

＊京师之围

辽东防务经袁大力整顿后更加牢固，前任辽东巡抚时，曾与后金作过和议谈判，这次复镇蓟辽，仍继续与后金谈判。但皇太极自宁锦兵败后，表面与袁有书函往还及谈判，但心实不甘，图谋明朝江山，因袁重督辽东难以突破，乃积极练兵，以声东击西之战术，避开宁锦一线而绕道蒙古，直指明都城，因山海关以西关塞颓毁、军备松弛，后金兵铁骑如入无人之境。参将张安德败逃、张万春投降，十一月初二日已抵达遵化，山海关总兵赵率教闻军情紧急，乃率兵马经三昼夜飞驰到达三屯营，总兵朱国彦闭城不纳，赵不得已率部西行，不期与后金军相遇，奋力拒战，不幸中流矢身亡，全军覆没。遵化城守将不是战死便是脱逃，总兵朱国彦将逃跑将帅名单到处张贴，散尽家财后偕妻子上吊自杀，于是遵化陷入敌手。

十一月初一日，袁督师自宁远赶赴山海关，知后金已绕道蒙古入侵，乃转往榛子岭调动兵马，又命保定巡抚解经传驰援。但清军陷遵化后，挥军指向京师，袁闻警后，因情势危急，等不及请示朝廷，即率同祖大寿等于十日抵达蓟州，所经诸城皆留兵驻守。崇祯闻报喜极，乃降旨嘉勉并发金犒赏将士，授命统领各路援军。十二日清兵陷石门驿，袁乃移营城外，次日侦知清兵绕过蓟州向西挺进，直逼京师，袁急领辽东铁骑一万星夜驰援，部众以为未得朝命而回师京都，会遭猜忌，袁大义凛然云：「如能解难，虽死无憾。」十六日抵左安门时，不料京师谣言满天飞，竟讹传袁召敌进京，崇祯生性多疑，适值袁因兵马疲惫不堪，请求进城休息，却遭崇祯拒绝。

清军在通州北二十里处扎营，分别向彰义门、天津、密云、居庸关、良乡、固安推进，情势极为危急；袁命大同总兵满桂、宜府总兵侯世禄率部列阵德胜门，袁与祖大寿列阵广渠门，严阵以待。十九日皇太极大军掩至，袁身先士卒，奋不顾身，两肋俱中箭，幸未透重甲，明军猛烈反击，后金军大败而逃，袁乘胜追击，八旗兵死伤惨重，皇太极被迫撤退。一场浴血战，京师之围乃解。

＊千古沉冤

此次后金军入侵，乃突破蓟辽总理所辖地区，袁闻变而千里驰援，自以为有功无过。但京城人士却认为后金军得越宁锦防线远道而来，全因袁通敌之过。加以大学士温体仁、兵部尚书梁廷栋均认为袁将威胁其权位，因妒忌而诬蔑其「引敌迫和，居心叵测」，魏忠贤余党借机落井下石，纷纷上疏诬告。崇祯本性已属多疑，兼且刚愎自用，对袁疑心益重，适值皇太极利用前时掳获之太监，施行反间计，将之放还，藉其口传讯袁暗通皇太极。

十二月一日，崇祯召见袁和满桂及祖大寿。时袁正派总兵张弘汉追击后金军，闻召即赶赴平台，崇祯当即责袁为何杀毛文龙。因事出突然，袁一时不知如何解释，崇祯乃下令即将袁押入锦衣卫狱，魏忠贤党徒力攻袁「擅作主张和议，任意杀戮大帅」两大罪状，于是法司判袁谋叛罪而处以磔刑。

崇祯三年九月廿二日，一个忠心为国、劳苦功高之袁崇焕，在听信谣言的民众一片卖国奸细唾骂中被绑赴刑场，施行惨无人道之「凌迟」。临刑前袁悲愤难抑、仰天长啸、高吟一诗：

一生事业总成空，半世功名在梦中；死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。

袁的身躯被刽子手寸磔支解、死不瞑目之头颅被砍下悬竿示众，尸体血肉模糊，而观刑之愚昧民众犹未解恨，拥向尸旁，脚踢唾沫，投掷砖石，似不将之锉骨扬灰不足以平民愤焉。英雄一世，却遭奸人谣言毒害，无知民众听信谣言，助纣为虐。可悲，可叹。袁之仆人畲有冒险于夜间将其尸偷回家中，葬于后院，但不敢立碑，遗命后人世代在旁守墓，代代相传直至今日。

＊后语

明朝皇帝为巩固其帝业，置臣民于控制之下，生性残忍嗜杀、多疑善妒、昏庸寡恩、贪图逸乐、轻信谗言、刚愎自用。廷杖及凌迟之惨无人道、特务机关之东西厂及锦衣卫，直如人间地狱，自坏长城，不亡似无天理，李自成兵陷京师，崇祯走投无路而自缢于景山，自缢前写下：「君非亡国之君，臣乃亡国之臣。」自认无面目见先皇，以发覆面然后上吊，到死不知悔。我以为其句应改为：「君实亡国之君，臣未必是亡国之臣。」