天啟六年時，袁任遼東巡撫，對鎮守皮島「東江」之毛文龍深表不滿，曾有撤銷東江鎮之請求。八月袁抵遼東後，了解到毛與清軍作戰從未獲勝，既不練兵備戰反而招商販賣禁品，從中獲取暴利，遇戰爭時很少服從調遣，對其不滿日甚。袁因請求改變運往東江糧餉餉道，且派員掌理以控制毛，毛不甘受文臣監制而上疏抗辯連及於袁，且以皮島會因此發生兵變而要脅朝廷，表明不受袁之節制，是以袁益惡之。

崇禎二年六月，袁藉口檢閱兵馬，乘船抵皮島；毛置酒款待，席間袁提出改革，毛當即反對，袁乃勸其回歸故里，毛恣意答謂早有此意，惟鑑於熟識遼東情勢及後金內幕者只有其一人，要待收復遼東攻佔朝鮮後方能成行。袁見其冥頑不化，益堅其誅毛之心。

六月五日袁邀毛觀看將士騎射，事前在山上設帳筵，四下伏甲士，不讓毛部卒進入，責問毛違犯朝命；毛不服極力辯解，袁斥責後乃下命隨從除去毛之冠戴，將其捆綁，從容宣布其十二條當斬罪狀。毛聞之始魂喪膽落，拚命叩頭乞免一死。袁乃請出尚方寶劍，頓首請旨：「誅毛文龍乃整肅軍紀，諸將士有效尤如毛者當誅，臣如不成功如誅毛文龍一樣誅臣。」同時諭告毛部下，只殺毛而罪不及無辜。當時毛部下將士數萬人，但無一敢反叛者。袁斬毛於帳前，著人棺殮毛屍，翌日祭奠曰：「昨日斬首是按朝廷大法，今日祭奠乃同僚私情。」一時聲淚俱下，仍讓毛子毛承祚在帳下效力，事後奏呈崇禎帝。崇禎雖震驚，但需仰賴袁收復遼東，只得降旨表揚，並勉強順從袁一切請求。但帝心深處，對袁已生疑忌，埋下日後殺袁禍根。

＊京師之圍

遼東防務經袁大力整頓後更加牢固，前任遼東巡撫時，曾與後金作過和議談判，這次復鎮薊遼，仍繼續與後金談判。但皇太極自寧錦兵敗後，表面與袁有書函往還及談判，但心實不甘，圖謀明朝江山，因袁重督遼東難以突破，乃積極練兵，以聲東擊西之戰術，避開寧錦一線而繞道蒙古，直指明都城，因山海關以西關塞頹毀、軍備鬆弛，後金兵鐵騎如入無人之境。參將張安德敗逃、張萬春投降，十一月初二日已抵達遵化，山海關總兵趙率教聞軍情緊急，乃率兵馬經三晝夜飛馳到達三屯營，總兵朱國彥閉城不納，趙不得已率部西行，不期與後金軍相遇，奮力拒戰，不幸中流矢身亡，全軍覆沒。遵化城守將不是戰死便是脫逃，總兵朱國彥將逃跑將帥名單到處張貼，散盡家財後偕妻子上吊自殺，於是遵化陷入敵手。

十一月初一日，袁督師自寧遠趕赴山海關，知後金已繞道蒙古入侵，乃轉往榛子嶺調動兵馬，又命保定巡撫解經傳馳援。但清軍陷遵化後，揮軍指向京師，袁聞警後，因情勢危急，等不及請示朝廷，即率同祖大壽等於十日抵達薊州，所經諸城皆留兵駐守。崇禎聞報喜極，乃降旨嘉勉並發金犒賞將士，授命統領各路援軍。十二日清兵陷石門驛，袁乃移營城外，次日偵知清兵繞過薊州向西挺進，直逼京師，袁急領遼東鐵騎一萬星夜馳援，部眾以為未得朝命而回師京都，會遭猜忌，袁大義凜然云：「如能解難，雖死無憾。」十六日抵左安門時，不料京師謠言滿天飛，竟訛傳袁召敵進京，崇禎生性多疑，適值袁因兵馬疲憊不堪，請求進城休息，卻遭崇禎拒絕。

清軍在通州北二十里處紮營，分別向彰義門、天津、密雲、居庸關、良鄉、固安推進，情勢極為危急；袁命大同總兵滿桂、宜府總兵侯世祿率部列陣德勝門，袁與祖大壽列陣廣渠門，嚴陣以待。十九日皇太極大軍掩至，袁身先士卒，奮不顧身，兩肋俱中箭，幸未透重甲，明軍猛烈反擊，後金軍大敗而逃，袁乘勝追擊，八旗兵死傷慘重，皇太極被迫撤退。一場浴血戰，京師之圍乃解。

＊千古沉冤

此次後金軍入侵，乃突破薊遼總理所轄地區，袁聞變而千里馳援，自以為有功無過。但京城人士卻認為後金軍得越寧錦防線遠道而來，全因袁通敵之過。加以大學士溫體仁、兵部尚書梁廷棟均認為袁將威脅其權位，因妒忌而誣蔑其「引敵迫和，居心叵測」，魏忠賢餘黨借機落井下石，紛紛上疏誣告。崇禎本性已屬多疑，兼且剛愎自用，對袁疑心益重，適值皇太極利用前時擄獲之太監，施行反間計，將之放還，藉其口傳訊袁暗通皇太極。

十二月一日，崇禎召見袁和滿桂及祖大壽。時袁正派總兵張弘漢追擊後金軍，聞召即趕赴平台，崇禎當即責袁為何殺毛文龍。因事出突然，袁一時不知如何解釋，崇禎乃下令即將袁押入錦衣衛獄，魏忠賢黨徒力攻袁「擅作主張和議，任意殺戮大帥」兩大罪狀，於是法司判袁謀叛罪而處以磔刑。

崇禎三年九月廿二日，一個忠心為國、勞苦功高之袁崇煥，在聽信謠言的民眾一片賣國奸細唾罵中被綁赴刑場，施行慘無人道之「凌遲」。臨刑前袁悲憤難抑、仰天長嘯、高吟一詩：

一生事業總成空，半世功名在夢中；死後不愁無勇將，忠魂依舊守遼東。

袁的身軀被劊子手寸磔支解、死不瞑目之頭顱被砍下懸竿示眾，屍體血肉模糊，而觀刑之愚昧民眾猶未解恨，擁向屍旁，腳踢唾沫，投擲磚石，似不將之銼骨揚灰不足以平民憤焉。英雄一世，卻遭奸人謠言毒害，無知民眾聽信謠言，助紂為虐。可悲，可嘆。袁之僕人畬有冒險於夜間將其屍偷回家中，葬於後院，但不敢立碑，遺命後人世代在旁守墓，代代相傳直至今日。

＊後語

明朝皇帝為鞏固其帝業，置臣民於控制之下，生性殘忍嗜殺、多疑善妒、昏庸寡恩、貪圖逸樂、輕信讒言、剛愎自用。廷杖及凌遲之慘無人道、特務機關之東西廠及錦衣衛，直如人間地獄，自壞長城，不亡似無天理，李自成兵陷京師，崇禎走投無路而自縊於景山，自縊前寫下：「君非亡國之君，臣乃亡國之臣。」自認無面目見先皇，以發覆面然後上吊，到死不知悔。我以為其句應改為：「君實亡國之君，臣未必是亡國之臣。」